Os meios disciplinares para alunos do Colégio serão os seguintes:1º- repreensão fora da aula. 2º- repreensão dentro da aula. 3º- tarefa de trabalhos nas horas de recreação. 4º- prisão com tarefa de trabalho em célula. 5º- comunicação aos pais para castigos maiores. 6º- expulsão do Colégio. Os três primeiros meios disciplinares podem ser impostos pelos professores e pelo vice-reitor; os últimos pelo reitor, à requisição dos professores ou por bem da disciplina do estabelecimento. Precederá sempre para a expulsão autorização do Inspetor Geral de Instrução primária e secundária, a quem o reitor imediatamente deve dar conta dos motivos que o tornem necessários.

Serão feriados: os dias de festividade nacional; os de luto nacional; os de entrudo desde 2ª até 4ª feira de cinza; os da semana santa; as quintas-feiras não havendo outro feriado na semana. E os dias que decorrerem desde o encerramento dos trabalhos do ano letivo até o dia 3 de fevereiro. Perderá o ano, e ficará inibido de fazer o respectivo exame, o aluno que der 45 faltas não justificadas nas diversas aulas ou 135, ainda que justificadas.

A alta inspeção do ensino no Colégio compete ao Inspetor Geral. Ao reitor incumbe: a) a fiscalização imediata das aulas, e do procedimento que dentro delas tiverem os professores e alunos, e bem assim toda policial indispensável à regularidade do ensino; b) a direção econômica do estabelecimento, regulando-se para isso, enquanto outra coisa se não determinar pelas disposições adotadas até hoje. Incumbe-lhe também dar instruções aos professores sobre a polícia interna das aulas, e aos empregados sobre a polícia, economia e vigilância do estabelecimento e dar dormitórios." (Dec. 1556 de 17 de fevereiro de 1855).